我國煤炭的內河運輸主要由長江和京杭運河承擔。煤炭內河運輸量雖然比海運量小，但也是煤炭水路運輸的重要組成部分。內河下水港有長江通道中的四港(南京港、武漢港、蕪湖港、枝城港)、京杭運河上的徐州港。其中南京港和蕪湖港的發運量較大，兩港的發運量占內河煤炭發運量的84%。

長江干流各港口下水的煤炭主要流向華東和華中地區，京杭運河下水的煤炭主要運往江浙一帶。

長江通道

2010年，6萬噸級貨輪首次直航長江，開創了我國大型運煤船舶“江海聯運”的歷史。

大型船舶運煤能有效降低運輸成本，提高效率。大型船舶與小型煤船相比物流成本優勢相當明顯。按目前國內南北航線煤炭運價進行計算，租用6萬噸級船舶與租用2 萬噸級船舶相比，電廠每年可節省煤炭運輸費用千萬元以上(按每年300萬噸煤炭計算)。船舶在北方港口裝運時，除取料和裝船作業外，還有輔助作業時間，如，走靠船時間。船舶不管噸位有多大，走靠船時間一般都需要四個小時左右，耗時基本一樣。小型船舶走靠頻繁，花費時間過多，嚴重影響北方煤炭碼頭的作業效率。東南沿海、沿江地區一些電廠碼頭噸位偏小，只有1萬-2萬噸級，泊位和航道吃水淺、噸位偏小，小船在北方港口走靠船等輔助時間相對較長，是造成北方港口煤炭周轉慢、易壓港，北煤南運效率降低的一個重要原因。

京杭運河航道

京杭運河全長1747公里，貫通錢塘江、長江、淮河、黃河、海河五大水系，流經六省市，北連環渤海經濟圈，南接長三角地區，將兩個經濟增長極一線相連，它的北端連接濟寧、棗莊、徐州、商丘、淮北等煤炭基地，南端連接經濟發達的長三角地區。一方面便利了煤炭外銷，為產煤區的經濟帶來了活力；另一方面保證了長三角地區便捷的煤炭供應，保障這一地區日益增長的煤炭需求，為這一地區的經濟發展注入了強大的動力。

京杭運河在我國北煤南運中具有以下優勢：

第一，水運便捷發達。長三角地區的特點是水網密布，內河水運發達，江蘇全省水域面積占總面積的17％，擁有內河航道總里程2.48萬公里。此外，根據2006年8月交通部和江蘇省政府聯合批復的《江蘇省干線航道網規劃》，在2020年之前江蘇將建成以長江、京杭運河為主軸，以三級及以上航道為主體，形成以京杭運河、連申線和淮河出海航道、通揚線、長江干線、蕪申線等“兩縱四橫”3455公里高等級航道組成的干線航道網，預計靜態總投資540億元。

第二，大量運輸優勢。內河運輸受氣候制約小，可以實現全天候作業，加上近年來江蘇加大了運河整治投資力度，運河江蘇段全部實現了雙閘，部分修建了三線船閘，通過能力大大提高，保證了貨物運輸的及時性。由于運河航道等級的提高，運河船隊噸位也不斷擴大。隨著南水北調工程的建設，運河的航運條件將會大大改善，運量潛能也將不斷被發掘。

第三，運輸成本低，降低了企業采購成本。經過比較，對運河地區用煤工廠來說，內河運輸成本比鐵路直達要低35-40元/噸。對于一個年用煤量200萬噸的工廠來說，僅僅對銷售過程中的中轉渠道進行調整和科學選擇，每年就可以減少7000萬元的生產成本。